ملاصدرا فلسفهٔ خود را بر پایهٔ اصالت وجود گذاشته است و ما می‌گوییم وجود اصالت ندارد بلکه حقیقت دارد، در این صورت ماهیت به کلی از فلسفه حذف می‌شود و فقط وجود است که می‌ماند. وی قایل به تشکیک در وجود است و ما چون قایل به حقیقت وجود هستیم می‌گوییم در وجود تشکیک راه ندارد و حقیقت نمی‌تواند تشکیک‌بردار باشد. وی قایل به وحدت در عین کثرت و کثرت در عین وحدت است و ما این ادعا را به تعدد در عین وحدت در یک مرتبه دانستیم که به تناقض در مرتبه می‌انجامد. با حذف این قواعد از فلسفهٔ ملاصدرا، فلسفه‌ای برای او نمی‌ماند. این چیدمان با ساختار موجود در عرفان ما نیز متفاوت است. محیی‌الدین که سلطان عرفان است هرچند قایل است وجود حقیقت است اما با این وجود از ماهیت نیز سخن می‌گوید و پدیده‌ها را خیالات می‌داند. در حالی که ما ظهورات را خیالات نمی‌دانیم و این همه دستگاه فاهمه را به مالیخولیا متهم نمی‌کنیم. او می‌گوید: «کلّ ما فی الکون وهم أو خیال». ما ذات را منحصر به خداوند می‌دانیم و برای پدیده‌ها قایل به ظهور هستیم. ابن‌عربی نمی‌تواند خلق را در ظرف حق بنشاند و تعدد را نفی می‌کند و مرحوم صدرا وجود را به تعدد مبتلا می‌سازد اما ما حق و خلق را با هم می‌بینیم و هیچ‌یک را موهوم نمی‌دانیم و وجود را نیز متعدد نمی‌شمریم. وجود ویژهٔ حق است و تنها وجود است که ذات و استقلال دارد اما پدیده‌ها هیچ‌یک ذات ندارد و ظهور غیر استقلالی دارند. این تنها وجود است که ذات دارد و حق نیز مرتبه ندارد بلکه حق دارای تعینات و ظهورات است.
ظهور نیز ذات ندارد و فعل است که فعل دارد. حق ذات و نیز فعل دارد. ما هر چه هست را حقیقت می‌دانیم. ذات یک حقیقت است و تنها یک موضوع دارد و نمی‌شود پدیده‌ها را به آن استناد داد و برای مثال گفت انسان موجود است. انسان ظهور دارد، نه وجود. کثرت نیز در مرتبه و در تعینات است، نه در ذات. ما نمی‌گوییم: این همه نقش در آیینهٔ اوهام افتاد و چیزی را وهم نمی‌دانیم. مشاییان نیز میان خلق و خالق به تباین گرفتار آمده‌اند. تعینات نیز ماهیت ندارند و تعین، تجلی و ظهور یک ذات هستند که هو رب العالمین و اللّه الصمد است. این ساختار با شریعت و با قرآن کریم و روایات به صورت کامل سازگار است و می‌تواند میان علم و عرفان پیوند دهد بدون آن‌که به موهوم، ماهیت، تشکیک در ذات یا تباین مبتلا شود. مرحوم صدرا خداوند را شدید شدید شدید عدی، مدی و شدی می‌داند. در حالی که این تصویر از خداوند بازی با الفاظ است. ظهورات نیز وجود ندارند و معدوم نیز نیستند و تحقق حقیقی دارند، نه مجازی؛ چرا که ظهور دارد اما ذات ندارد. ظهور یعنی فعل و فعل حقیقت دارد اما حقیقت آن حقیقتی ظهوری است نه وجودی که ذاتی برای آن نیست، بلکه قایم به یک ذات است. هم ذات و هم ظهور صفت بی‌نهایت را دارد. ذره ذرهٔ عالم پدیده‌ها و ظهورات همه بی‌نهایت است و هیچ‌یک محدودی ندارد؛ چرا که هر ظهوری نمایندهٔ ذاتی است که بی‌نهایت است و تمایزها تنها در مرتبه و در تعینات است، نه در اصل ظهور و پدیداری.
