منبع: علوم و نظرگاه‌های شاخص (جلد سوّم)
تمایز مؤمن با منافق در صراحت مؤمن است. منافق درون خود را پنهان و مخفی نگه می‌دارد و به تزویر و خدعه رو می‌آورد و میان دو قطب متضاد ظاهر و باطن، گرفتار و معلق است و مدام خلجان ذهنی و آشوب و فشار روانی دارد. منافق عافیت‌طلب است و با پیشامد کم‌ترین ناراحتی، نسبت به آن تحمل و بردباری ندارد و سریع ناراضی و برآشفته می‌شود.
در سال‌های چیرگی حکومت نفاق، همراهی ظاهری مؤمن با حکومت و نفوذ دستگاهمند سبب تقویت نفاق می‌شود و مبارزهٔ پنهانی نیز آسیب چندانی برای چنین حکومتی ندارد و کاری بیهوده است. مقابلهٔ آشکار نیز ممکن است ضربه‌هایی سطحی بر آن وارد آورد. نفوذ نفاق دینی تحمل چنین ضربه‌هایی را دارد و بقای خود را حفظ می‌کند و مخالفان را به بدترین وجه منکوب می‌سازد. فقه حکمت‌گرا برای مبارزه با حکومت منافقان سازماندهی‌شده معتقد است ضمن حفظ روحیهٔ قوی خود و دوری از اظهار ضعف، باید جایی با آن همراهی ظاهری نداشت و در مجلس و محفلی از آنان شرکت نکرد؛ به‌گونه‌ای که دوری از آن برای همه آشکار باشد و نیز جز در مواردی که ضرورت حفظ خود حکم می‌کند، کمکی به آن نداشت. البته در مورد ضرورت نیز باید آشکارا نشان داد که این همراهی اجباری و تحمیلی و برای برطرف کردن ظلم و شرّ حاکمان نفاق و به جهت تقیه است. در این صورت، باید از امکانات در دسترس برای یاری جبههٔ حق استفاده نمود. هم‌چنین در مقابل نفوذ نفاق دینی چیره و قاهر نباید مخالفت علنی داشت؛ بلکه باید جبهه حق را حول فعالیت‌های نرم علمی و فرهنگی، منسجم و همگام ساخت و ضمن اعلام انزجار از نفاق و ظلم، مداخله‌ای در سیاست ننمود و مخالفت خود را نیز به طور عملی ظاهر نساخت و تقیه را در کنار امید به پیروزی و پایداری لازم برای آن، پاس داشت.
بر اساس تعریفی که ما از نفاق ارایه دادیم، نفاق امری متفاوت از ریاست. ریاکار قصد ارایهٔ کمالی را برای خود دارد بدون آن‌که در آن لحاظ خوف باشد، اما منافق قصد ارایهٔ همراهی و تشریک در هر موقعیتی اعم از کمالی و غیرکمالی، آن هم از روی احساس ضعف و ترس را دارد.
قید «به طمع سهیم‌بودن در منافع موقعیت پدیده‌ای که تأثیر وی ذاتی دانسته می‌شود» ریشهٔ نفاق را بیان می‌دارد که همان شرک و مؤثردانستن ذاتی پدیده‌های هستی است.
هم‌چنین نفاق با تقیه تفاوت دارد. در تقیه، فرد دارای کمبودهای روانی و ضعف‌های نفسانی نیست، و او تنها به اعتبار کمبودهای فاعلی محیط حاکم به پنهان‌کاری رو می‌آورد.
تفاوت نفاق با دروغ نیز در این است که نفاق به دوگانگی ظاهر و باطن فرد بازگشت دارد؛ اما دروغ مغایرت اخبار (عنوان) با حقیقت خارجی (معنون) آن است. هم‌چنین دروغ می‌تواند به عنوان تاکتیک مقطعی استفاده شود، اما نفاق دوام دارد و دارای هدفی استراتژیک می‌باشد که همان جبران کمبودهای روانی یا از بین بردن موقعیت چیره است. البته منافق بسیار دروغ می‌گوید و کذاب است. نفاق و کذب به هم پیوسته‌اند و همین دروغ‌پردازی‌های ممتد منافق، در نهایت سبب پرده‌برداشتن از او و نابودی وی می‌شود. پنهان‌کاری و فریب نیز از نفاق جدا نمی‌شود و تمامی این امور، لازم جدایی‌ناپذیر منافق است.
در نفاق که نوعی حرکت و خروج باطنی است، موازنه‌ای که باید میان ظاهر و باطن باشد، دچار اختلال می‌گردد و در ظاهر، گفتارها و رفتارهایی بروز می‌کند که ریشه‌ای در باطن ندارد. این صفت با «استکبار» اشتراک در جنس دارد. در استکبار که خیره‌شدن به شکوه ظاهر خود و غرّه‌شدن به آن با غفلت از موقعیت باطن است، ظاهر مطابقت و تناسبی با باطن ندارد؛ به این صورت که ظاهر بیش از باطن ظهور دارد. اگر عزت ظاهر، بیش از ذلت و فروتنی باطن شود، موازنهٔ میان ظاهر و باطن از بین می‌رود و نمایش کبر و غرور را موجب می‌شود. در ریا نیز ریاکار با ظاهرسازی کمالات، باطن خود را بیش از آن چیزی که هست، نمایش می‌دهد و به این اعتبار با «نفاق» قرابت دارد.
منافق شخصیتی ضعیف، ترسو، بهانه‌گیر، دروغ‌گو و عذرتراش دارد و همواره از کمبود امکانات و بهره‌های زندگی و از فقر واهمه و گلایه دارد. بنیاد منافق بر ضعف و سستی است. به سبب همین ضعف باطنی و محتوایی، ترس از او جدایی ندارد و در کارهای خود ملاحظه دیگرانی را دارد که از آن‌ها خوف دارد.
منافق چون از جهت روانی، فردی ترسو و بزدل است، استقلال ندارد. منافق تزلزل روحی، روانی، فکری و گفتاری دارد. او به هیچ‌وجه نه راستگو می‌شود، نه مطیع.
منافق همواره در مسیر کاری که به نفع وی نیست، اشکال‌تراشی می‌کند و اگر به آن وارد شود، آسیب‌هایی را موجب می‌گردد؛ از این رو در مقاطع حساسی که نیاز به حفظ نیرو و کار اهمیت فراوانی می‌یابد، باید از حضور آنان مانع شد. شگرد اصلی منافق این است که با هیچ کس درگیر نشود و تا می‌تواند همه را به گونه‌ای که به وی آسیبی نرسد، همراه خود داشته باشد.
منافق کارهایی را که با پیشرفت مواجه می‌شود و به دست دیگران انجام گرفته و او در انجام آن نقشی نداشته است، به نام خود ترویج می‌نماید. نفاق سیستمیک از شگرد شایعه‌پراکنی و ایجاد جنگ روانی و نیز فرافکنی جدایی ندارد. او ریا و سالوس را در میان نیروهای ارزشی رواج می‌دهد و موقعیت‌ها و مشاغل و امکانات را به منافقان و ریاکاران می‌دهد. نفوذی سیستمیک نرم‌ترین، خاموش‌ترین و ویران‌گرترین جنگ را علیه منافع نظام و سازمان ایجاد می‌کند.
منبع: علوم و نظرگاه‌های شاخص (جلد سوّم)
