استاد محمدرضا نکونام بیش از پنجاه سال است كه به تدريس و تحقیق و تألیف مشغول می باشند. . حضرت استاد تاکنون ۳۰۳ کتاب آماده نشر دارند که موضوعات فراوانی را به تحقیق گذاشته است. ایشان در مورد آثار و تألیفات خود گفته اند: بیش‌تر شب‌ها را نخوابیده‌ام و تا صبح به تحقیق و نگارش مشغول بوده‌ام. مسایل ذهنی و علمی را نیز بیش‌تر در تنهایی و تاریکی دنبال کرده‌ام. غیر از مواقع ضروری چندان نیازمند و یا وابسته به نور و روشنایی نبوده‌ام. کتاب‌های درسی را بیش‌تر پیش مطالعه می‌کردم و با اساتیدم مباحثه می‌کردم و هر درسی را که می‌توانستم، درس می‌دادم و مباحثه نمی‌کردم. ارث لمعه را مطالعه می‌کردم و خودم را نزد استاد تست می‌کردم که چه مقدار از عبارات آن را هموار کرده‌ام. حاشیهٔ ملا عبدالله را با سیوطی حفظ کردم. پیش از این نیز گفتم که حافظه‌ام بسیار قوی است؛ به‌گونه‌ای که نیازی به نوشتن درس‌های اساتید پیدا نمی‌کردم. من در طول عمر خود حتی یک خط از حرف‌های اساتیدم را ننوشته‌ام و نیازی به نوشتن نداشته‌ام، از این رو تقریری از استادی ندارم و بر نوشته‌های خود تکیه دارم.
درست است که گاه شمار درس‌هایی که بنده در روز داشته‌ام به بیش از ده درس می‌رسید، اما این درس‌ها وقت چندانی برای مطالعه نمی‌برد و گاه دشوارترین درس‌ها را در ده تا پانزده دقیقه مطالعه می‌کردم. از این رو بیش‌ترین وقت را برای تحقیق در حوزهٔ دین‌شناسی و نگارش کتاب داشته‌ام؛ هرچند مسایل اخیر، کاغذ و قلم و کتاب را از من گرفته است. من نزدیک به چهل سال است که در حوزهٔ علمی قم تدریس داشته و به‌ندرت پیش آمده که درسی را به تکرار گفته باشم. تنها منظومهٔ حاجی سبزواری و مکاسب و کفایه بوده که دو یا سه بار تکرار شده است. از منظومهٔ حاجی در سال‌هایی که تدریس داشتم، تنها چند سالی از آن ضبط گردیده و بقیه از دست رفته است. آماده‌سازی این دروس برای انتشار نیز بخشی از وقت مرا می‌گرفت اما زندان امروز، به من فرصت استراحت و بیرون کردن خستگی چهل سال گذشته را بخشیده است.
«نگارش»، در حال حاضر عمده‌ترین کار بنده است و بیش‌ترین وقت را از من می‌گیرد. از این رو شمار تالیفاتم بسیار است و بخشی از آن ـ که نزدیک به یکصد و پنجاه عنوان کتاب است ـ به چاپ رسیده و بخش اعظم آن در مرحلهٔ آماده‌سازی برای چاپ و یا تکمیل است. هیچ‌یک از این کتاب‌ها به مسایل تکراری و غیر ضروری دین و جامعه نمی‌پردازد، بلکه اساسی‌ترین و تاثیرگذارترین مسایل حیات معنوی و اخروی و نیز نظام عقیدتی یا علمی انسان‌ها را در تمام حوزه‌های علوم انسانی و هم‌چنین اموری که بیش‌ترین نقش را در جامعه دارد، برمی‌رسد. کتاب‌های فقهی بنده که تنها دو رسالهٔ عملی «حقیقه الشریعه فی فقه العروه» و «تحریر التحریر» از آن چاپ شده چندین جلد است که مهم‌ترین بحث‌های روز مانند «ولایت فقیه»، «حکومت اسلامی»، «غنا و موسیقی»، «قمار» و «احکام قضایی» را با نگاهی نو می‌کاود.
خداوند دانش‌هایی را به رایگان به بنده داده است که بسیاری از آن در جایی نوشته نشده و خود نیز فرصت نیافته‌ام تا آن را به نگارش آورم. هم‌اینک یکصد و پنجاه جلد کتاب در اختیار دارم که آمادهٔ انتشار است و این آثار که آن را برای تمامی اقشار جامعه مفید می‌دانم به دست مردم برسد. بر آن هستم که واقعیت‌ها را به صورت بی‌پیرایه و صریح بیان دارم. این مطالب نسبت به بنده، تعریف و تمجید نیز نیست، بلکه شرح بخشی از ماجرای زندگی است که زمانه برایم پیش آورده است. من در این‌جا و در گوشهٔ قم، سخن گفتن با چند طلبه را ترجیح می‌دام و آن را آزادی خود می‌دانستم. در این گوشهٔ قم آزادی خود را همین می دانستم، ولی این آزادی به سکوت بود و چه فریادی بلندتر از «خلوت» و چه آذرخشی روشناتر و برنده‌تر از «سکوت» اما همین سکوت نیز در سکوتی غریبتر فرو رفت ودیگر انیسی با خود نمی‌یابم جز رفیق همیشگی خویش که هر جایی است!
هیچ‌گاه نه خواسته‌ام که درسی بخوانم و نه خواسته‌ام که ریاضتی بکشم و همواره این کارها بوده است که مرا دنبال کرده‌اند. آنان مرا دست‌کم از سه سالگی رها نکردند. سه‌سالگی خود را به خوبی یاد دارم و از آن زمان تا به حال این مکافات‌ها را داشته‌ام. این‌که هم‌اینک با کتاب‌های من مخالفت می‌شود و می‌گویند این موسیقی، روان‌شناسی، تعبیر خواب، تفسیر، مباحث ولایت و دیگر امور در جایی نبوده است راست می‌گویند؛ چون من این دانش‌ها را از جای دیگری آورده‌ام و آن را به دانش‌های امروزی ربط داده‌ام.
من می‌گویم می‌توانم قرآن کریم را با دستگاه‌های موسیقی و بدون استفاده از زبان عربی یا فارسی یا هر زبان دیگری حتی برای آنان که سواد ندارند آموزش دهم؛ به‌گونه‌ای که بتواند معنای آن را دریابد. این سخن و ادعا خیلی مهم و بسیار غیر عادی است ولی خوبی آن این است که کسی این کار را از ما نمی‌خواهد. در باب استخاره کتابی در پنج جلد نوشتیم و چند سال است برای مجوز نشر مانده است. اگر در این رابطه هم کاری کنیم با آن‌که انقلاب عظیمی در فرهنگ قرآن کریم به وجود می‌آید؛ به‌گونه‌ای که آموزش قرآن کریم و درک معنای آن نیاز به آموختن زبان عربی ندارد و هر کسی با هر زبانی می‌تواند معانی قرآن کریم را دریابد و این دانش مثل اختراع خط بریل برای نابینایان است و بنده توان انجام آن را دارم، اما مطمئنم معیارهای چاپ و نشر و ممیزان و بررسان که با افراد به صورت دستوری عمل می‌کنند، مجوز نشر آن را نمی‌دهد. ما با استفاده از صوت و نت‌ها و موسیقی قرآن کریم، می‌توانیم آن را قابل فهم و درک برای عموم مردم جهان با هر زبانی که هستند بنماییم.
ما در باب فقه موسیقی در کتاب «فقه غنا و موسیقی» که هفت جلد است به تفصیل سخن گفته‌ایم و نیز کتاب «منطق موسیقی» را داریم. البته این کتاب نیز از نشر باز مانده است. در آن‌جا از موسیقی توحیدی به اختصار، آن هم در مقدمه چیزی گفته و از آن گذشته‌ایم. آیا روان‌شناسان یا موسیقی‌دانان می‌توانند به موسیقی جهت توحیدی دهند یا خیر؟ برای نمونه، دستگاه موسیقی آیهٔ شریفهٔ: «لَکمْ دِینُکمْ وَلِی دِینِ» (کافرون / ۶) چیست و چه کسی می‌تواند آن را تشخیص دهد و قدرت استخراج آن را داشته باشد؟
به علم اعداد و حروف نیز آگاهی کامل دارم. عالمی که در آن زندگی می‌کنیم بسیار پیچیده است و یکی از پیچیدگی‌های آن دنیای «اعداد» و نیز «حروف» است که هریک برای خود آثاری دارد. هر فردی دارای عددی است و برخی از اعداد رذیلت‌ها را می‌نماید.
اگر جمعی از طلبه‌های فعال، خوش فکر، منصف و آزاد با بنده جمع شوند و به ما کمک کنند، من نیز می‌توانم به مدد آنان برخی از طرح‌هایی را که در رابطه با دانش‌های دینی دارم به انجام رسانم و در آن صورت، از عملی کردن هر کاری که از دستم برآید دریغ و بخل نخواهم داشت، منت و توقعی نیز ندارم. ولی این کار را تا رعشه پیدا نکرده‌ام می‌توانم انجام دهم و اگر به زمان پیری و رعشه رسم، این حقایق را با خود به قبر خواهم برد. من مرحوم علامهٔ طباطبایی رحمه‌الله را به یادم دارم. زمانی که علامه، علامه بود کسی از او بهره نبرد و مجبور بود در تبریز باغبانی نماید، و زمانی به سراغ او آمدند که ایشان پیر شده و به رعشه افتاده بود؛ یعنی زمانی که دیگر کار مهمی از ایشان ساخته نبود. زمانی که ایشان در تبریز بود، ایشان هم فیلسوف بود و هم عارف و هم علامه، ولی وقتی رعشه پیدا کردند، دیگر نمی‌توانستند علم کاربردی خود را ارایه دهند.
مرحوم آیت‌اللّه گلپایگانی رحمه‌الله نیز چنین بود. زمانی که ایشان در فقه پهلوانی بود، تعداد بسیار معدودی به درس ایشان می‌رفتند و از ایشان استفاده نمی‌شد، اما در زمان مرجعیت، که با کهولت همراه بود، ایشان در مسجد اعظم تدریس می‌کرد و بیش از هزار شاگرد داشت. شاگردانی که هیچ‌کدام کارایی نداشتند و وصف آنان: «ضَعُفَ الطَّالِبُ وَالْمَطْلُوبُ» (حج / ۷۳) بود اما کلاهما فی الجنه بودند. من نیز تا به رعشه نیفتاده‌ام کارایی دارم و رایگان نیز هستم؛ همان‌گونه که دانش‌های خود را بدون زحمت و رایگان به دست آورده‌ام.
من هم‌اینک به حمد الهی هیچ مشکل جسمی ندارم و این انرژی را دارم که روزی ده کار متفاوت در طول بیست ساعت از شبانه‌روز بدون خستگی انجام دهم و این شمایید که نباید بگذارید این انرژی بدون استفاده بماند. کارهایی که هم‌اکنون انجام می‌دهم درست و متناسب با بنده نیست. من باید کارهایی را انجام دهم که در توان هیچ کسی نیست. این کارها را دیگران نیز می‌توانند انجام دهند و وقت مرا فقط تلف می‌کند ولی چاره‌ای ندارم و کسی نیست که این کارها را انجام دهد و در غربت و تنهایی خود به سر می‌برم و کارهای بسیار مهمی که فرهنگ دینی را سالم‌سازی می‌نماید بر زمین می‌ماند؛ هرچند آثاری که بنده به قلم آورده‌ام نه حال، که در آینده‌ای دراز اهمیت و جایگاه خود را پیدا می‌کند. زمانی که خلا علمی در زمینهٔ علوم انسانی، خود را نشان دهد و هیاهوها و احساسات بخوابد و جامعه به این نتیجه برسد که در این حوزه دانشی در خور ندارد و نیازمند علم و فرهنگ ناب است. آن زمان است که این آثار نتیجه می‌دهد و می‌تواند مشکلات اساسی جامعه را برطرف سازد.
اگر ما جمعی محقق توانمند در اختیار داشته باشیم بحث‌هایی که ممکن است سی سال کار داشته باشد؛ مانند بحث‌های ولایت، شناخت جن و فرشته، ترجمهٔ قرآن کریم با بیان موسیقی آن می‌شود که تا چند سال به فرجام رسد. من به قرآن کریم که دست می‌زنم می‌بینم می‌توان آن را بدون لغت و صرف و نحو معنا کرد؛ ولی این‌قدر خود را نگاه می‌دارم تا چیزی نگویم؛ چرا که در کتمان قوی هستم، اما بعضی مواقع ناگهان چیزی از دست می‌رود و گاه هم لازم می‌دانم اندکی از آن را بیان کنم؛ هرچند بسیاری باور نمی‌کنند و برای ما مشکلاتی به وجود می‌آورند! باید این سخن که دین بی‌پیرایه است را به مردم جامعه رسانید زیرا همهٔ آنان به این مطالب که می‌رسند به آن گوش فرا می‌دهند. امروزه مردم، گوشی برای شنیدن حرف‌های تکراری یا بی‌محتوا ندارند و این کمبود در زمینهٔ معارف دینی را باید از این تنوررایگان جبران کرد.
خدا رحمت کند مرحوم بهشتی را که بسیار باصفا بود و می‌گفت ما هسته‌ایم، به ریش مردم بسته‌ایم! ما خوب یا بد، با مردم خود هستیم و هیچ‌گاه از آنان جدا نمی‌شویم. ما خارجی نیستیم تا فرار کنیم. کسی نیز ما را تحویل نمی‌گیرد؛ چرا که آنان نیز می‌دانند ما به هر حال وطنی هستیم و به درد بیرون و آنها نمی‌خوریم. آنها مزدور، وابسته و جاسوس می‌خواهند و وجود ما روحانیان این‌گونه نیست. ما در این‌جا همین که می‌گوییم «یا امیرمومنان علیه‌السلام » تمامی مشکلات از ما می‌ریزد و امیر مومنان علیه‌السلام باورمان می‌شود. این‌جا سکوتش آزادتر از همه جاست؛ اگرچه همین سکوت رخوت و خستگی می‌آورد.
در قرآن کریم حقایق و گنجینه‌های بسیار عظیمی قرار دارد که بدون استفاده مانده است و بنده قدرت و توان استخراج آن را دارم و می‌توانم دست‌کم هزار پروژهٔ قرآنی را کلید بزنم. این کارها برای من بسیار راحت است اما نبود نیروی تحقیقی و تنهایی و غربت و نیز در اثر گذشت زمان، این انرژی تلف می‌شود.»
غالب کتابهایم را شب نوشته‌ام و در روز بیش‌تر درس و بحث داشته‌ام. اگرچه همیشه مشغول کار بوده‌ام. شعرهایم ارمغان آخر شب‌ها و بعد از نیمه شب است و در روز کم‌تر شعر گفته‌ام، مگر آن که زمینهٔ آن پیش می‌آمده است.
از نوشته‌های بنده در فقه که چاپ شده است می‌توان «تحریر التحریر» و «حقیقه الشریعه فی فقه العروه» را نام برد. این دو کتاب نسبت به نظایرش دارای امتیازاتی است. از جمله این‌که: متن کتاب «تحریر الوسیلهٔ آقاي خميني و «عروه الوثقی» همراه با اندیشهٔ فقهی ما بازنگاری شده و مشکلات ویرایشی آن دو تصحیح گردیده است. هم‌چنین ساختاری نوین را در فقه ارایه می‌کند و افزون بر این، احکام آن به صراحت آمده و دو کتابی را که مسایل احتیاطی آن بسیار است و مطالب صریح و فتاوای شفاف ندارد، به فتاوای صریح تحویل برده است. کتاب «حقیقه الشریعه» و همین‌طور «تحریر التحریر» ساختار جدیدی را در فقه پیش رو می‌گذارد و با اصل خود یعنی کتاب «العروه الوثقی» و «تحریر الوسیله»» هم از لحاظ ساختار، هم از زاویهٔ قوت متن و هم به اعتبار محتوا تفاوت‌های بسیاری دارد. این تفاوت‌ها در رسالهٔ «توضیح المسایل» نیز خود را نشان می‌دهد. این رسالهٔ دو جلدی هم‌چون گزیدهٔ آن هماهنگ با ادبیات و زبان مخاطبان و گفته‌خوانان روز، روان، گویا و شیواست و سعی شده از هرگونه پیچیدگی به دور باشد. این رساله بر خلاف نظریهٔ رایج در لسان فقها و با تاکید بر اندیشهٔ فقهی ما بر این‌که «تشخیص موضوع خارجی حکم بر عهدهٔ فقیه است» نگارش یافته است و در میان رساله‌های توضیح المسائل حاضر در نحوه نگارش و تقریر مسایل و تبویب آنها نظیری ندارد مگر آن که کسی بخواهد معاندانه افترایی به آن بندد.
بنده در دو کتاب «حقیقه الشریعه» و «تحریر التحریر» و نیز در «رسالهٔ عملی»، «احکام نوین»، «احکام پزشکی»، «مناسک حج»، «بلندای فقه شیعه» و دیگر کتاب‌های فقهی خود به این نکته توجه داشته و در همهٔ موارد، فتوای صریح خود را بیان داشته‌ام تا مکلف به راحتی بتواند وظیفهٔ خود را در هر موضوعی بشناسد. در برخی از مسایل نیز نوآوری به معنای دقت در کشف حکم دیده می‌شود.
نوشته‌های بنده در عرفان نیز همین ویژگی را دارد و سعی بر آن بوده تا عرفانی شیعی و هماهنگ با آموزه‌های اهل بیت عصمت و طهارت علیهم‌السلام در این کتاب‌ها ترسیم گردد. متاسفانه در عرفان اسلامی، عارفانی که اهل عرفان بوده‌اند، به پیروی از جناب «محیی‌الدین عربی» پرداخته‌اند و کارهای آنان بیش‌تر حاشیه‌ای، ذیلی، شرحی و توصیفی بوده است و عرفان در شیعه تاکنون نتوانسته حیات و نشاط علمی و ولایی خود را باز یابد؛ اگرچه عرفان نظری جناب ابن عربی ـ که میراث اسلامی به شمار می‌رود ـ برای عصر خود بزرگ بوده و تا اندازه‌ای رشد یافته است، اما این موجودی پاسخ‌گوی نیازهای اندیشاری و کرداری بلند توحیدی و فرهنگ عمیق ولایی شیعه نیست. باید در این زمینه به ژرف‌اندیشی، پژوهش و تربیت محققان همت گمارد تا شاید آنان نظامی به سامان از عرفان اسلامی را پایه گذارند و کاستی‌های عرفان موجود را که تا دورترین خانه‌ها راه یافته و آثار و نشانه‌های خود را در قلب و جان مردم نهادینه نموده است، برطرف نمایند.
متاسفانه عرفان شیعی و متون درسی آن، صورت و چهرهٔ عرفان اهل سنت را دارد. هرچند عارفان شیعی همواره در عرفان آزادی عمل داشته و خود را گرفتار حد و مرزی جز عصمت و ولایت نساخته‌اند، ولی مرز و حصر اصطلاحی عرفان شیعی هنوز حالت حِکمی فرهنگ امامت و عصمت را نیافته است و جای بسی تاثر است که چنین مردمی با چنان محتوای گویایی، به قول معروف: نان خود را بر سر سفرهٔ دیگران تناول می‌کنند و همت تهذیب این امر را بر خود روا نمی‌دارند و در رفع این نقیصه نمی‌کوشند.
هم‌اینک در عرفان اسلامی، متنی جامع، سالم، گویا و پیراسته از مطالب غیر علمی وجود ندارد؛ برای مثال: با این که نوشته‌های جناب محیی‌الدین و قونوی از بهترین متن‌های عرفانی است، اشکالات اعتقادی، فلسفی، عرفانی و عقلی فراوانی را در خود جای داده است و هیچ یک متنی ولایی، فلسفی، جامع و کامل نیست و سعی ما بر این بوده است تا نخست به نقد و بازاندیشی متون اصیل و مادر در عرفان بپردازیم و سپس متنی منقّح و پیراسته را ارایه نماییم. ما درصدد چنین امر بزرگی هستیم، اگر عنایات الهی یار گردد و زمینه‌های مقدمی آن آماده است و ترسیم درست و نهایی آن را می‌طلبد. نام برخی از کتابهایم در فهرست زیر آمده است.
فهرست تألیفات
ردیف نام کتاب
۱ – زن؛ مظلوم همیشهٔ تاریخ
۲ – تحریر التحریر
۳ – حقیقه الشریعه فی فقه العروه
۴ – مقامات عارفان
۵ – احکام پزشکی
۶ – مناسک حج
۷ – صحیفهٔ عشق
۸ – غیب، شب و بیداری
۹ – اسلام؛ هویت همیشه زنده
۱۰ – عصمت؛ موهبتی الهی
۱۱ – فلسفهٔ نوین
۱۲ – مراتب ولایت
۱۳ – عوالم مینا
۱۴ – نغمه‌های عرفانی
۱۵ – نسخهٔ عرفان
۱۶ – الگوهای اندیشهٔ دینی
۱۷ – سیراندیشه
۱۸ – قواعد تعبیر خواب
۱۹ – اخباری و اصولی چه می گویند؟
۲۰ – معادجسمانی؛حقیقتی‌دینی و فلسفی
۲۱ – معاد جسمانی
۲۲ – خلود دوزخ و آتش و عذاب جاوید
۲۳ – انسان و جهان زندگی
۲۴ – بایسته‌های‌دین‌پژوهی‌ومعناشناسی‌دین
۲۵ – مدینهٔ فاضلهٔ یا جنگل مدرن
۲۶ – نظام سلطه
۲۷ – چرایی و چگونگی انقلاب اسلامی
۲۸ – آسیب‌های اجتماعی
۲۹ – انقلاب اسلامی؛ چالش‌ها و طرح‌ها
۳۰ – انقلاب فرهنگی
۳۱ – حوزه؛ چالش‌ها و طرح‌ها
۳۲ – نظرگاه‌های‌سیاسی
۳۳ – روحانیت و رهبری
۳۴ – برگی‌ازآسیب‌شناسی‌انقلاب‌اسلامی
۳۵ – دردمندی و مشکلات اجتماعی
۳۶ – عالمان دینی و ساده‌زیستی
۳۷ – عرفان و مقامات
۳۸ – حضور حاضر و غایب
۳۹ – القواعد الفقهیه
۴۰ – هدایت دینی
۴۱ – دایره‌ی‌هستی
۴۲ – بداهت معرفت خداوند
۴۳ – خداپرستی و فطرت
۴۴ – عارف و کمال
۴۵ – چارچوب سیر کمالات
۴۶ – خواب، شب و بیداری
۴۷ – آموزش مقامات موسیقی ایرانی
۴۸ – چارچوب نوین فقه شیعه
۴۹ – نفیرعشق
۵۰ – شیوه‌ی‌اجرای‌حدود
۵۱ – نوشابه‌های الکلی
۵۲ – سلطه‌سالاری مردان یا زنان
۵۳ – کاوشی نو در معجزه و کرامت
۵۴ – علمای راستین؛ رهروان پیامبران
۵۵ – آیات الاحکام و فقه القرآن
۵۶ – التمهید فی شرح قواعد التوحید
۵۷ – قرآن کریم و زمینه‌های اقتصادی
۵۸ – تحریف‌ناپذیری‌وحجیت‌قرآن کریم
۵۹ – فهرست‌موارد مرد و زن
۶۰ – درآمدی بر شناخت قرآن کریم
۶۱ – روش تفسیر از دیدگاه قرآن کریم
۶۲ – پیشوایان راستین اسلام
۶۳ – روش حضرات معصومین و حرکت‌های انقلابی.
۶۴ – ضرورت معرفت به مقام نورانیت
۶۵ – کوثر؛ ناموس حضرت حق
۶۶ – الفهرس الحدیث لآیات الاحکام
۶۷ – الولایه والحکومه
۶۸ – الغناء والرقص
۶۹ – علم الاصول و علمائه الخمسه
۷۰ – الجسم البسیط وانقساماته
۷۱ – حاشیه علی القواعد والفوائد
۷۲ – خمس‌الرسائل‌السیاسیه
۷۳ – اسباب التنزیل
۷۴ – گفتگوهای صمیمی
۷۵ – گفتگوهای اجتماعی
۷۶ – پنج مقالهٔ حکمی
۷۷ – درآمدی‌برعلم‌اصول، رجال و درایه
۷۸ – تاریخ همیشه زنده
۷۹ – رهبران شیعه در عصر غیبت
۸۰ – خاطره؛ نقشی بر چهرهٔ ذهن
۸۱ – آفرینش انسان و ماتریالیسم
۸۲ – عرفان محبوبی و سالکان محب
۸۳ – التعلیقه علی المکاسب المحرمه
۸۴ – احکام قمار
۸۵ – تعامل نرم و دیجیتال
۸۶ – فهرست جمال و جلال خداوند
۸۷ – الفهرس الحدیث للفقه الشیعی
۸۸ – التعلیقات الفقهیه
۸۹ – الرسائل التسع الفقهیه
۹۰ – مناسک الحج
۹۱ – الرسائل السبع الاعتقادیه
۹۲ – داستانی‌ازنابسامانی‌درپوشش‌دین‌داری
۹۳ – احکام نوین
۹۴ – رسالهٔ توضیح المسائل (۲ جلد)
۹۵ – گزیدهٔ توضیح المسائل
۹۶ – بلندای فقه شیعه (۹ جلد)
۹۷ – فقه غنا و موسیقی (۷ جلد)
۹۸ – المباحث‌السنبوکیه‌فی‌الفنون‌الاصولیه
۹۹ – المسکه (۲ جلد)
۱۰۰ – آیه آیه روشنی
۱۰۱ – کتاب خدا
۱۰۲ – کتاب دوستی
۱۰۳ – درآمدی‌بردانش‌استخاره‌باقرآن‌کریم
۱۰۴ – سرود محبان
۱۰۵ – گفتمان قرآن‌شناخت
۱۰۶ – تفسیر سوره‌های کوچک
۱۰۷ – بشارت اکرم صلی‌الله‌علیه‌وآله
۱۰۸ – ولایت مستصعب امام علی علیه‌السلام
۱۰۹ – کوثر؛ نقطهٔ هستی
۱۱۰ – پیامبر عشق؛ حسین علیه‌السلام
۱۱۱ – امام‌حق؛فاطمه علیهاالسلام ،امام‌عشق؛حسین علیه السلام
۱۱۲ – خیمهٔ سبز ظهور
۱۱۳ – دولت منجی
۱۱۴ – جلال مخلصان
۱۱۵ – استخاره‌ی‌مختصرآیه‌هاوسوره‌های‌قرآن‌کریم
۱۱۶ – نمای رسالت
۱۱۷ – دانش استخاره (۵ جلد)
۱۱۸ – پندهای رفتاری
۱۱۹ – قواعد هفت‌گانهٔ سلوک الهی
۱۲۰ – سراب عرفان یا هبای منثور
۱۲۱ – فرهنگ عرفان
۱۲۲ – معرفت محبوبی و سلوک محبی
۱۲۳ – حکایت عشق
۱۲۴ – خدایی که می‌پرستم
۱۲۵ – گوهر بندگی و جوهر دارندگی
۱۲۶ – دانش سلوک معنوی
۱۲۷ – چشمه چشمه زندگی
۱۲۸ – شوکران عصیان
۱۲۹ – روشنای دنیاداری و دنیامداری
۱۳۰ – تپش ایمان و کفر
۱۳۱ – خصال سلامت و سعادت
۱۳۲ – آیین خردورزی
۱۳۳ – یکتاپرستی
۱۳۴ – دانش بسنده
۱۳۵ – گزاره‌های انسان‌شناسی
۱۳۶ – دنیای جنیان و نیرنگ آدمیان
۱۳۷ – مرگ و زندگی در ابدیت
۱۳۸ – حکمت‌نامهٔ فلسفه
۱۳۹ – زلال عرفان
۱۴۰ – شگفتی‌های تن‌درستی
۱۴۱ – چگونه زیستن، چگونه مردن
۱۴۲ – زن؛ پردیس زیبایی و تربیت
۱۴۳ – زندگی، عشق یا قانون
۱۴۴ – همسران و مدیران کارآمد
۱۴۵ – زن و زندگی
۱۴۶ – آزاداندیشی‌حوزویان‌واستبدادطاغوتیان
۱۴۷ – اقتصادحوزه‌های‌علمی‌وشهریه‌ی‌دانش
۱۴۸ – صفانوشت حوزویان
۱۴۹ – طلبگی و تعهد کاری
۱۵۰ – سیمای طلبگی
۱۵۱ – حجره‌های معنوی
۱۵۲ – چشم‌انداز عالمان دینی
۱۵۳ – یادنامهٔ روحانیت
۱۵۴ – دانش‌اندوزی و خشونت‌ورزی
۱۵۵ – اصول و قواعد تبلیغ دینی
۱۵۶ – پیام‌رسانی دینی
۱۵۷ – دانش علم‌جویی
۱۵۸ – آزادی در بند
۱۵۹ – زنجیره‌ی‌برابری‌وسلسله‌ی‌ستمگری
۱۶۰ – انقلاب‌اسلامی‌وجمهوری مسلمانان
۱۶۱ – راهبردهای کلان نظام اسلامی
۱۶۲ – تدبیرهای‌سیاسی
۱۶۳ – شهرآیین سیاست
۱۶۴ – حج؛ ابراهیمی یا سازمانی
۱۶۵ – اقتصاد سالم، اقتصاد بیمار
۱۶۶ – فرهنگ‌شریعت‌وناسوت‌طبیعت
۱۶۷ – مگوهای گویا
۱۶۸ – لطافت باران
۱۶۹ – دانش ذکر
۱۷۰ – سلوک سوگواری
۱۷۱ – علم زندگی
۱۷۲ – تعبیر خواب
۱۷۳ – ترجمه مسکه
۱۷۴ – ترجمان هدی
۱۷۵ – جامع الاحکام
۱۷۶ – حضور دلبران
۱۷۷ – شمع زندگی
۱۷۸ – شب، خلوت و آذرخش سکوت
۱۷۹ – دو میعادگاه عشق
۱۸۰ – گذرها و گریزهای جامعه
۱۸۱ – فقه‌پژوهی‌دینی‌وسرگرمی‌های‌دنیوی
۱۸۲ – تاریخ‌تحلیلی‌موسیقی‌در اسلام
۱۸۳ – غناخوانی زنان
۱۸۴ – زن و آزادمنشی دینی
۱۸۵ – احکام نگاه به زنان
۱۸۶ – پژوهشی نو در احکام رقص
۱۸۷ – اخباری چه می‌گوید
۱۸۸ – اصولی چه می‌گوید
۱۸۹ – ساخت شعر
۱۹۰ – زبان بدن
۱۹۱ – تفسیر هدی (۴ جلد)
۱۹۲ – چهرهٔ عشق
۱۹۳ – سیر سرخ (۳ جلد)
۱۹۴ – محبوب عشق
۱۹۵ – محبوبان و محبان
۱۹۶ – خداانکاری و اصول الحاد
۱۹۷ – حقوق نوبنیاد (۲ جلد)
۱۹۸ – جامعه‌شناسی عالمان دینی
۱۹۹ – دانش تفسیر، دانش تاویل
۲۰۰ – منطق موسیقی
۲۰۱ – کلیات دیوان نکو (۱۲ جلد غزلیات )
۲۰۲ – دیوان عشق و معرفت (۴ جلد)
۲۰۳ – زخمهٔ چکاوک (۲ جلد )
۲۰۴ – نقد صافی (استقبال حافظ
۲۰۵ – دیوان ولایت
۲۰۶ – راز و ناز (مثنوی‌ها)
۲۰۷ – سوز و ساز (قصاید)
۲۰۸ – خون دل (رباعیات)
۲۰۹ – قرب یار (دوبیتی‌ها)
۲۱۰ – دیوان محبوبی
۲۱۱ – ساده به رنگ خدا
۲۱۲ – صفای دل
۲۱۳ – گنج بی‌مکان
۲۱۴ – هوای یار
۲۱۵ – محضر ذات
۲۱۶ – چهره چهره
۲۱۷ – عاشق چالاک
۲۱۸ – دولت تنهایی
۲۱۹ – طغیان هوس
۲۲۰ – خیمهٔ بقا
۲۲۱ – صاحب‌خانه
۲۲۲ – ظهور پاک
۲۲۳ – طعمهٔ طمع
۲۲۴ – افتادهٔ گیسو
۲۲۵ – دف مرگ
۲۲۶ – قد پندار
۲۲۷ – کلبه‌ای در راه
۲۲۸ – نرگس مست
۲۲۹ – وحدت مستانه
۲۳۰ – قرب غربت
۲۳۱ – جنگ آب
۲۳۲ – آتش قهر
۲۳۳ – تمنای وصال
۲۳۴ – هیاهو
۲۳۵ – حریف معرکه
۲۳۶ – کاشانهٔ امید
۲۳۷ – بلاپیشه
۲۳۸ – میثاق
۲۳۹ – شیدای هستی
۲۴۰ – قمار عشق
۲۴۱ – زندهٔ ظهور
۲۴۲ – شرنگ غم
۲۴۳ – غریب یکتا
۲۴۴ – دیار بی‌نشان
۲۴۵ – مکافات عشق
۲۴۶ – ناز معشوق
۲۴۷ – شاهد تنهایی
۲۴۸ – یار یار
۲۴۹ – دم دل
۲۵۰ – شور شیدا
۲۵۱ – مست و خمار
۲۵۲ – بی‌دل و شوریده‌سر
۲۵۳ – نگین هستی
۲۵۴ – تمثال حق
۲۵۵ – خمسهٔ طیبه علیهم‌السلام
۲۵۶ – تسعهٔ ثانیه علیهم‌السلام
۲۵۷ – عطر ختام
۲۵۸ – چشمه‌ساران کوثر علیهم‌السلام
۲۵۹ – شمع جمع
۲۶۰ – جولان خیال
۲۶۱ – نوای اهل دل
۲۶۲ – عنقای مهر
۲۶۳ – فنای چهره
۲۶۴ – هیمان عشق
۲۶۵ – درد هجران
۲۶۶ – زلف آشفته
۲۶۷ – حیرت ذات
۲۶۸ – قصهٔ گیسو
۲۶۹ – خم ابرو
۲۷۰ – دیار پرگار
۲۷۱ – تیغ تقدیر
۲۷۲ – گرداب توهم
۲۷۳ – چشم امید
۲۷۴ – چشمهٔ لطف
۲۷۵ – دل پرچاک
۲۷۶ – رونق گل
۲۷۷ – رقص شمشیر
۲۷۸ – دامن دهر
۲۷۹ – نور و سرور
۲۸۰ – چشم نگاه
۲۸۱ – لطف قرار
۲۸۲ – طبیعت رام
۲۸۳ – دانش اشتقاق
۲۸۴ – رویت و مشاهدات
۲۸۵ – ستایش نخستین (تفسیر مختصر سوره حمد)
۲۸۶ – آیین عدالت
۲۸۷ – اجتهاد قدسی
۲۸۸ – ظهور کرامت (تحلیل زندگی و معجزات حضرت موسی علیه‌السلام )
۲۸۹ – حکایت ادبیات
۲۹۰ – صفا و دل‌مستی
۲۹۱ – لهیب فقر
۲۹۲ – نام‌های خدا
۲۹۳ – باطن‌شناخت
۲۹۴ – سیاحت زمین
۲۹۵ – فلسفی‌اندیشی
۲۹۶ – نام‌آوران
۲۹۷ – فقه صفا و نشاط
۲۹۸ – صد نما از سینما
۲۹۹ – روایت اقتصاد روادار
۳۰۰ – رونق فرازندگی (خاطرات زندگی)
۳۰۱ – تماشای هستی (قرآن کریم)
۳۰۲ – خط ریل غرب
۳۰۳ – کتاب طبیعت
این لیست غیر از کتابهایی است که باید آنها را پنهان بدارم. نزدیک به یکصد جلد از آثار ما تا سال ۱۳۸۶ چاپ شد. نزدیک به پنجاه جلد دیگر آن نیز از سال ۹۱ تا ۹۳ که برخی ممنوعیت‌ها برداشته شد، منتشر گردید. پنجاه جلد کتاب علمی دیگر نیز برای نشر آماده است. غیر از آن، ۱۰۰ جلد کتاب شعر نیز دارم که هفتاد جلد آن برای نشر آماده است. ۱۵۰ جلد کتاب دیگر نیز در مرحله ویراستاری و آماده‌سازی است که در مجموع به ۴۵۰ جلد کتاب می‌رسد. افزون بر این، بیش از ۶۰۰۰ ساعت نوار درسی دارم که نیازمند پیاده‌سازی، تایپ و آماده‌سازی برای نشر است و با احتساب آنها، پیش‌بینی می‌شود مجموع کتابهایی که داشته باشم، دست‌کم به ۸۰۰ جلد کتاب برسد. نخستین اثری که در مسایل علمی نگاشته‌ام، کتاب «اخباری و اصولی چه می‌گویند؟» است. این کتاب را در سن شانزده سالگی و در رد بر «اخباری‌گری» نوشته‌ام. همان روزها کسی قصد داشت این کتاب را چاپ کند، ولی چون من نزد استاد اخباری‌ام درس خوانده بودم و ایشان هنوز در قید حیات بود، به پاس حرمت ایشان، این کار را نکردم. این کتاب در سال ۸۶ چاپ شد. در این کتاب، به احترام آن استاد، نامی از ایشان نیاورده‌ام و تنها به بررسی و نقد افکار و اندیشه‌های وی و این طایفه پرداخته‌ام.
پیش‌تر گفتم که در نوجوانی در فن تجوید چیره‌دست بودم. آن زمان، کتابی در این فن نوشته بودم که بسیار قوی و کامل بود و حتی اهل علم بدان نیاز داشتند. بعدها علم تجوید را در این حدّ فن لازم نمی‌دانستم. این نوشته باقی نماند و با دسته‌ای از نوشته‌هایم به سرقت رفت و در گمانم نمی‌گنجید که در این دیار سرقت نوشته هم پیش آید!
برخی از آثارم به سرقت رفته و بعضی از آن ها را چال نموده ام. گاه شده در پیش از انقلاب و پس از آن نیز برای حفظ نوشته‌ها ناچار شده‌ام آنها را در کیسه‌های پلاستیک و پیت گذاشته و زیر خاک چال نمایم. هنوز بخشی از این نوشته‌ها دست‌نخورده باقی مانده است و کسی جز خودم از این نوشته‌های پنهان‌شده در زیر خاک یا رمزنگاری شده در هاردهای مخصوص، اطلاعی ندارد. فرشته‌شناسی، شیطان‌شناسی و بحث از جن نمونه‌هایی از نوشته‌هایی است که بکر باقی مانده است. در مدرسهٔ فیضیه، اوایل دههٔ هشتاد ـ که می‌توان آن را نقطهٔ عطفی در مسیر رشد علوم و دانش‌ها پس از انقلاب اسلامی دانست و فضای علمی آزادتر از گذشته شده بود ـ درس شیطان‌شناسی و جن را شروع کردم، اما برخی از افراد گفتند: «در فیضیه از جن سخن گفته می‌شود!» ما نیز پیش از هر اقدامی گفتیم بهتر است فقط از فقه و اصول سخن بگوییم؛ اما این‌روزها در سایت‌ها مرا با تعبیر کنایه‌آمیز ارتباط با اجنه می‌آورند تا آن را موضوعی دروغ و خرافی نشان دهند و همان درس فقه را نیز تعطیل کردند؛ در حالی که اگر نوشته‌های من در شناخت اجنه و فرشتگان را می‌دیدند، خود از رو می‌رفتند! این برخورد پس از چاپ هشتاد جلد کتاب خرد و ریز و نه کتاب‌های درشت شروع شد و برخی، همت بر مقابله با بنده گزارده‌اند و چنان تندروی می‌کنند که بعضی دستگاه‌ها را به اقدام بر ضدّ ما تحریک می‌نمایند. آنان در سال ۸۶ برای مدتی طولانی نشر و توزیع کتاب‌های چاپ شده از بنده را مشکل‌دار کردند و امکان چاپ هر کتاب دیگری را نیز برای ما به تعویق انداختند. آیا در چنین فضایی که آزاداندیشی علمی پاس داشته نمی‌شود، می‌توان به طرح چنین مسایلی پرداخت و از جن، ملک و ابلیس گفت؛ گفته‌هایی که کتاب یا سندی جز اندیشه‌های خاص ندارد. توزیع و نشر کتاب‌های چاپ‌شده هنوز هم مشکل دارد و این امر با آزاداندیشی علمی که شعار داده می‌شود منافات دارد.
اگر عمری باشد و صاحبان قدرت و نفوذ مانع نشوند، این طرح‌های کلان ـ که بیش از چند صد مورد است ـ ان‌شاء اللّه به اتمام برسد. با وضعیت فعلی و ایجاد مشکلات و مانع‌تراشی از این سو و آن سو که همه شاهد آن هستند و کمبود امکانات و نیروی لازم، باید آن را به «رجعت» واگذاشت. آقا امیر مومنان علیه‌السلام نیز: «فلانا بطرق السماء اعلم منّی بطرق الارض»(نهج البلاغه، ج ۲، تحقیق محمد عبده، چاپ اول، ۱۴۱۲ ه ق. قم، دارالذخائر، ص ۱۳۰) سر دادند و رفتند، اما چه مقدار از آن را نشان دادند؟! ایشان آن را در رجعت انجام می‌دهند و ما نیز ان‌شاء اللّه اگر توفیق آن را یافتیم، در رجعت می‌آییم و طرح‌های نیمه‌کارهٔ خود را هم‌چون آن حضرت به اتمام می‌رسانیم و آرای ولایی، عصمتی و شیعی در هر دانشی را ارایه خواهیم کرد. در ظلّ عنایت آقا امام زمان ـ عجل اللّه تعالی فرجه الشریف ـ و به برکت نظام اسلامی و خون شهدایی که برای سرافرازی اسلام ریخته شده، امید است شیعه در تمامی زمینه‌ها و در تمامی موقعیت‌ها و رشته‌های علمی رشد یابد و به نیرویی پیشرو تبدیل گردد و ما نیز به قدر توانی که داریم، کاری انجام دهیم.
