آیت الله نکونام تاکنون ۳۰۳ کتاب آماده نشر دارند که موضوعات فراوانی را به تحقیق گذاشته است. سایت حاضر مفتخر است آخرین ویرایش دویست جلد از کتاب های معظم له را در دو قالب متن و پی دی اف منتشر نموده است. امید است دیگر کتاب ها نیز به زودی آماده سازی و بر روی سایت بارگذاری شود.
ایشان در مورد آثار و تألیفات خود گفته اند: بیش‌تر شب‌ها را نخوابیده‌ام و تا صبح به تحقیق و نگارش مشغول بوده‌ام. مسایل ذهنی و علمی را نیز بیش‌تر در تنهایی و تاریکی دنبال کرده‌ام. غیر از مواقع ضروری چندان نیازمند و یا وابسته به نور و روشنایی نبوده‌ام. کتاب‌های درسی را بیش‌تر پیش مطالعه می‌کردم و با اساتیدم مباحثه می‌کردم و هر درسی را که می‌توانستم، درس می‌دادم و مباحثه نمی‌کردم. ارث لمعه را مطالعه می‌کردم و خودم را نزد استاد تست می‌کردم که چه مقدار از عبارات آن را هموار کرده‌ام. حاشیهٔ ملا عبدالله را با سیوطی حفظ کردم. پیش از این نیز گفتم که حافظه‌ام بسیار قوی است؛ به‌گونه‌ای که نیازی به نوشتن درس‌های اساتید پیدا نمی‌کردم. من در طول عمر خود حتی یک خط از حرف‌های اساتیدم را ننوشته‌ام و نیازی به نوشتن نداشته‌ام، از این رو تقریری از استادی ندارم و بر نوشته‌های خود تکیه دارم.
«نگارش»، در حال حاضر عمده‌ترین کار بنده است و بیش‌ترین وقت را از من می‌گیرد. از این رو شمار تالیفاتم بسیار است و بخشی از آن ـ که نزدیک به یکصد و پنجاه عنوان کتاب است ـ به چاپ رسیده و بخش اعظم آن در مرحلهٔ آماده‌سازی برای چاپ و یا تکمیل است. هیچ‌یک از این کتاب‌ها به مسایل تکراری و غیر ضروری دین و جامعه نمی‌پردازد، بلکه اساسی‌ترین و تاثیرگذارترین مسایل حیات معنوی و اخروی و نیز نظام عقیدتی یا علمی انسان‌ها را در تمام حوزه‌های علوم انسانی و هم‌چنین اموری که بیش‌ترین نقش را در جامعه دارد، برمی‌رسد.
کتاب‌های علمی، اشکالات زیادی دارد و نیاز به تصحیح و ویرایش و نقد دارد که ما آن را در این کتاب ها انجام داده‌ایم. اشتباه علمی مانند زباله است که باید از میان مطالب برداشته شود و با نقد درست و سالم، بازیافت گردد. باید حرف‌ها گفته شود و تحقیق و بررسی در فضایی که آزاداندیشی پاس داشته شود انجام گردد تا نظریه علمی به صورت هم‌اندیشی جمعی به پختگی و بلوغ برسد و نظریه ها شلاق بخورد تا درست بشود. باید اشکال کرد و در نقد و بررسی نیز میان صاحبان قدرت و پیاده‌ها تبعیضی قایل نشد.
ویژگی اساسی تألیفاتم را می‌توان «پیرایه‌زدایی» در حوزه معرفت دینی و مسایل فلسفی و اجتماعی دانست. از طفولیت به این باور رسیده بودم که بسیاری از قواعد، قوانین و احکامی که به نام دین یا علم در کلام، فلسفه، عرفان و فقه و در سنت‌ها و مباحث اجتماعی وجود دارد، قابل نقد و رد است و شماری از آن نیز مستند نیست و دلیل و حجیت ندارد. از این رو نقد قوی و پیرایه‌زدایی از این متون را هدف نخستین تدریس و نوشته‌های خود قرار دادم.
نام برخی از کتابهایم در فهرست زیر آمده است.
فهرست تألیفات
ردیف نام کتاب
۱ – زن؛ مظلوم همیشهٔ تاریخ
۲ – تحریر التحریر
۳ – حقیقه الشریعه فی فقه العروه
۴ – مقامات عارفان
۵ – احکام پزشکی
۶ – مناسک حج
۷ – صحیفهٔ عشق
۸ – غیب، شب و بیداری
۹ – اسلام؛ هویت همیشه زنده
۱۰ – عصمت؛ موهبتی الهی
۱۱ – فلسفهٔ نوین
۱۲ – مراتب ولایت
۱۳ – عوالم مینا
۱۴ – نغمه‌های عرفانی
۱۵ – نسخهٔ عرفان
۱۶ – الگوهای اندیشهٔ دینی
۱۷ – سیراندیشه
۱۸ – قواعد تعبیر خواب
۱۹ – اخباری و اصولی چه می گویند؟
۲۰ – معادجسمانی؛حقیقتی‌دینی و فلسفی
۲۱ – معاد جسمانی
۲۲ – خلود دوزخ و آتش و عذاب جاوید
۲۳ – انسان و جهان زندگی
۲۴ – بایسته‌های‌دین‌پژوهی‌ومعناشناسی‌دین
۲۵ – مدینهٔ فاضلهٔ یا جنگل مدرن
۲۶ – نظام سلطه
۲۷ – چرایی و چگونگی انقلاب اسلامی
۲۸ – آسیب‌های اجتماعی
۲۹ – انقلاب اسلامی؛ چالش‌ها و طرح‌ها
۳۰ – انقلاب فرهنگی
۳۱ – حوزه؛ چالش‌ها و طرح‌ها
۳۲ – نظرگاه‌های‌سیاسی
۳۳ – روحانیت و رهبری
۳۴ – برگی‌ازآسیب‌شناسی‌انقلاب‌اسلامی
۳۵ – دردمندی و مشکلات اجتماعی
۳۶ – عالمان دینی و ساده‌زیستی
۳۷ – عرفان و مقامات
۳۸ – حضور حاضر و غایب
۳۹ – القواعد الفقهیه
۴۰ – هدایت دینی
۴۱ – دایره‌ی‌هستی
۴۲ – بداهت معرفت خداوند
۴۳ – خداپرستی و فطرت
۴۴ – عارف و کمال
۴۵ – چارچوب سیر کمالات
۴۶ – خواب، شب و بیداری
۴۷ – آموزش مقامات موسیقی ایرانی
۴۸ – چارچوب نوین فقه شیعه
۴۹ – نفیرعشق
۵۰ – شیوه‌ی‌اجرای‌حدود
۵۱ – نوشابه‌های الکلی
۵۲ – سلطه‌سالاری مردان یا زنان
۵۳ – کاوشی نو در معجزه و کرامت
۵۴ – علمای راستین؛ رهروان پیامبران
۵۵ – آیات الاحکام و فقه القرآن
۵۶ – التمهید فی شرح قواعد التوحید
۵۷ – قرآن کریم و زمینه‌های اقتصادی
۵۸ – تحریف‌ناپذیری‌وحجیت‌قرآن کریم
۵۹ – فهرست‌موارد مرد و زن
۶۰ – درآمدی بر شناخت قرآن کریم
۶۱ – روش تفسیر از دیدگاه قرآن کریم
۶۲ – پیشوایان راستین اسلام
۶۳ – روش حضرات معصومین و حرکت‌های انقلابی.
۶۴ – ضرورت معرفت به مقام نورانیت
۶۵ – کوثر؛ ناموس حضرت حق
۶۶ – الفهرس الحدیث لآیات الاحکام
۶۷ – الولایه والحکومه
۶۸ – الغناء والرقص
۶۹ – علم الاصول و علمائه الخمسه
۷۰ – الجسم البسیط وانقساماته
۷۱ – حاشیه علی القواعد والفوائد
۷۲ – خمس‌الرسائل‌السیاسیه
۷۳ – اسباب التنزیل
۷۴ – گفتگوهای صمیمی
۷۵ – گفتگوهای اجتماعی
۷۶ – پنج مقالهٔ حکمی
۷۷ – درآمدی‌برعلم‌اصول، رجال و درایه
۷۸ – تاریخ همیشه زنده
۷۹ – رهبران شیعه در عصر غیبت
۸۰ – خاطره؛ نقشی بر چهرهٔ ذهن
۸۱ – آفرینش انسان و ماتریالیسم
۸۲ – عرفان محبوبی و سالکان محب
۸۳ – التعلیقه علی المکاسب المحرمه
۸۴ – احکام قمار
۸۵ – تعامل نرم و دیجیتال
۸۶ – فهرست جمال و جلال خداوند
۸۷ – الفهرس الحدیث للفقه الشیعی
۸۸ – التعلیقات الفقهیه
۸۹ – الرسائل التسع الفقهیه
۹۰ – مناسک الحج
۹۱ – الرسائل السبع الاعتقادیه
۹۲ – داستانی‌ازنابسامانی‌درپوشش‌دین‌داری
۹۳ – احکام نوین
۹۴ – رسالهٔ توضیح المسائل (۲ جلد)
۹۵ – گزیدهٔ توضیح المسائل
۹۶ – بلندای فقه شیعه (۹ جلد)
۹۷ – فقه غنا و موسیقی (۷ جلد)
۹۸ – المباحث‌السنبوکیه‌فی‌الفنون‌الاصولیه
۹۹ – المسکه (۲ جلد)
۱۰۰ – آیه آیه روشنی
۱۰۱ – کتاب خدا
۱۰۲ – کتاب دوستی
۱۰۳ – درآمدی‌بردانش‌استخاره‌باقرآن‌کریم
۱۰۴ – سرود محبان
۱۰۵ – گفتمان قرآن‌شناخت
۱۰۶ – تفسیر سوره‌های کوچک
۱۰۷ – بشارت اکرم صلی‌الله‌علیه‌وآله
۱۰۸ – ولایت مستصعب امام علی علیه‌السلام
۱۰۹ – کوثر؛ نقطهٔ هستی
۱۱۰ – پیامبر عشق؛ حسین علیه‌السلام
۱۱۱ – امام‌حق؛فاطمه علیهاالسلام ،امام‌عشق؛حسین علیه السلام
۱۱۲ – خیمهٔ سبز ظهور
۱۱۳ – دولت منجی
۱۱۴ – جلال مخلصان
۱۱۵ – استخاره‌ی‌مختصرآیه‌هاوسوره‌های‌قرآن‌کریم
۱۱۶ – نمای رسالت
۱۱۷ – دانش استخاره (۵ جلد)
۱۱۸ – پندهای رفتاری
۱۱۹ – قواعد هفت‌گانهٔ سلوک الهی
۱۲۰ – سراب عرفان یا هبای منثور
۱۲۱ – فرهنگ عرفان
۱۲۲ – معرفت محبوبی و سلوک محبی
۱۲۳ – حکایت عشق
۱۲۴ – خدایی که می‌پرستم
۱۲۵ – گوهر بندگی و جوهر دارندگی
۱۲۶ – دانش سلوک معنوی
۱۲۷ – چشمه چشمه زندگی
۱۲۸ – شوکران عصیان
۱۲۹ – روشنای دنیاداری و دنیامداری
۱۳۰ – تپش ایمان و کفر
۱۳۱ – خصال سلامت و سعادت
۱۳۲ – آیین خردورزی
۱۳۳ – یکتاپرستی
۱۳۴ – دانش بسنده
۱۳۵ – گزاره‌های انسان‌شناسی
۱۳۶ – دنیای جنیان و نیرنگ آدمیان
۱۳۷ – مرگ و زندگی در ابدیت
۱۳۸ – حکمت‌نامهٔ فلسفه
۱۳۹ – زلال عرفان
۱۴۰ – شگفتی‌های تن‌درستی
۱۴۱ – چگونه زیستن، چگونه مردن
۱۴۲ – زن؛ پردیس زیبایی و تربیت
۱۴۳ – زندگی، عشق یا قانون
۱۴۴ – همسران و مدیران کارآمد
۱۴۵ – زن و زندگی
۱۴۶ – آزاداندیشی‌حوزویان‌واستبدادطاغوتیان
۱۴۷ – اقتصادحوزه‌های‌علمی‌وشهریه‌ی‌دانش
۱۴۸ – صفانوشت حوزویان
۱۴۹ – طلبگی و تعهد کاری
۱۵۰ – سیمای طلبگی
۱۵۱ – حجره‌های معنوی
۱۵۲ – چشم‌انداز عالمان دینی
۱۵۳ – یادنامهٔ روحانیت
۱۵۴ – دانش‌اندوزی و خشونت‌ورزی
۱۵۵ – اصول و قواعد تبلیغ دینی
۱۵۶ – پیام‌رسانی دینی
۱۵۷ – دانش علم‌جویی
۱۵۸ – آزادی در بند
۱۵۹ – زنجیره‌ی‌برابری‌وسلسله‌ی‌ستمگری
۱۶۰ – انقلاب‌اسلامی‌وجمهوری مسلمانان
۱۶۱ – راهبردهای کلان نظام اسلامی
۱۶۲ – تدبیرهای‌سیاسی
۱۶۳ – شهرآیین سیاست
۱۶۴ – حج؛ ابراهیمی یا سازمانی
۱۶۵ – اقتصاد سالم، اقتصاد بیمار
۱۶۶ – فرهنگ‌شریعت‌وناسوت‌طبیعت
۱۶۷ – مگوهای گویا
۱۶۸ – لطافت باران
۱۶۹ – دانش ذکر
۱۷۰ – سلوک سوگواری
۱۷۱ – علم زندگی
۱۷۲ – تعبیر خواب
۱۷۳ – ترجمه مسکه
۱۷۴ – ترجمان هدی
۱۷۵ – جامع الاحکام
۱۷۶ – حضور دلبران
۱۷۷ – شمع زندگی
۱۷۸ – شب، خلوت و آذرخش سکوت
۱۷۹ – دو میعادگاه عشق
۱۸۰ – گذرها و گریزهای جامعه
۱۸۱ – فقه‌پژوهی‌دینی‌وسرگرمی‌های‌دنیوی
۱۸۲ – تاریخ‌تحلیلی‌موسیقی‌در اسلام
۱۸۳ – غناخوانی زنان
۱۸۴ – زن و آزادمنشی دینی
۱۸۵ – احکام نگاه به زنان
۱۸۶ – پژوهشی نو در احکام رقص
۱۸۷ – اخباری چه می‌گوید
۱۸۸ – اصولی چه می‌گوید
۱۸۹ – ساخت شعر
۱۹۰ – زبان بدن
۱۹۱ – تفسیر هدی (۴ جلد)
۱۹۲ – چهرهٔ عشق
۱۹۳ – سیر سرخ (۳ جلد)
۱۹۴ – محبوب عشق
۱۹۵ – محبوبان و محبان
۱۹۶ – خداانکاری و اصول الحاد
۱۹۷ – حقوق نوبنیاد (۲ جلد)
۱۹۸ – جامعه‌شناسی عالمان دینی
۱۹۹ – دانش تفسیر، دانش تاویل
۲۰۰ – منطق موسیقی
۲۰۱ – کلیات دیوان نکو (۱۲ جلد غزلیات )
۲۰۲ – دیوان عشق و معرفت (۴ جلد)
۲۰۳ – زخمهٔ چکاوک (۲ جلد )
۲۰۴ – نقد صافی (استقبال حافظ
۲۰۵ – دیوان ولایت
۲۰۶ – راز و ناز (مثنوی‌ها)
۲۰۷ – سوز و ساز (قصاید)
۲۰۸ – خون دل (رباعیات)
۲۰۹ – قرب یار (دوبیتی‌ها)
۲۱۰ – دیوان محبوبی
۲۱۱ – ساده به رنگ خدا
۲۱۲ – صفای دل
۲۱۳ – گنج بی‌مکان
۲۱۴ – هوای یار
۲۱۵ – محضر ذات
۲۱۶ – چهره چهره
۲۱۷ – عاشق چالاک
۲۱۸ – دولت تنهایی
۲۱۹ – طغیان هوس
۲۲۰ – خیمهٔ بقا
۲۲۱ – صاحب‌خانه
۲۲۲ – ظهور پاک
۲۲۳ – طعمهٔ طمع
۲۲۴ – افتادهٔ گیسو
۲۲۵ – دف مرگ
۲۲۶ – قد پندار
۲۲۷ – کلبه‌ای در راه
۲۲۸ – نرگس مست
۲۲۹ – وحدت مستانه
۲۳۰ – قرب غربت
۲۳۱ – جنگ آب
۲۳۲ – آتش قهر
۲۳۳ – تمنای وصال
۲۳۴ – هیاهو
۲۳۵ – حریف معرکه
۲۳۶ – کاشانهٔ امید
۲۳۷ – بلاپیشه
۲۳۸ – میثاق
۲۳۹ – شیدای هستی
۲۴۰ – قمار عشق
۲۴۱ – زندهٔ ظهور
۲۴۲ – شرنگ غم
۲۴۳ – غریب یکتا
۲۴۴ – دیار بی‌نشان
۲۴۵ – مکافات عشق
۲۴۶ – ناز معشوق
۲۴۷ – شاهد تنهایی
۲۴۸ – یار یار
۲۴۹ – دم دل
۲۵۰ – شور شیدا
۲۵۱ – مست و خمار
۲۵۲ – بی‌دل و شوریده‌سر
۲۵۳ – نگین هستی
۲۵۴ – تمثال حق
۲۵۵ – خمسهٔ طیبه علیهم‌السلام
۲۵۶ – تسعهٔ ثانیه علیهم‌السلام
۲۵۷ – عطر ختام
۲۵۸ – چشمه‌ساران کوثر علیهم‌السلام
۲۵۹ – شمع جمع
۲۶۰ – جولان خیال
۲۶۱ – نوای اهل دل
۲۶۲ – عنقای مهر
۲۶۳ – فنای چهره
۲۶۴ – هیمان عشق
۲۶۵ – درد هجران
۲۶۶ – زلف آشفته
۲۶۷ – حیرت ذات
۲۶۸ – قصهٔ گیسو
۲۶۹ – خم ابرو
۲۷۰ – دیار پرگار
۲۷۱ – تیغ تقدیر
۲۷۲ – گرداب توهم
۲۷۳ – چشم امید
۲۷۴ – چشمهٔ لطف
۲۷۵ – دل پرچاک
۲۷۶ – رونق گل
۲۷۷ – رقص شمشیر
۲۷۸ – دامن دهر
۲۷۹ – نور و سرور
۲۸۰ – چشم نگاه
۲۸۱ – لطف قرار
۲۸۲ – طبیعت رام
۲۸۳ – دانش اشتقاق
۲۸۴ – رویت و مشاهدات
۲۸۵ – ستایش نخستین (تفسیر مختصر سوره حمد)
۲۸۶ – آیین عدالت
۲۸۷ – اجتهاد قدسی
۲۸۸ – ظهور کرامت (تحلیل زندگی و معجزات حضرت موسی علیه‌السلام )
۲۸۹ – حکایت ادبیات
۲۹۰ – صفا و دل‌مستی
۲۹۱ – لهیب فقر
۲۹۲ – نام‌های خدا
۲۹۳ – باطن‌شناخت
۲۹۴ – سیاحت زمین
۲۹۵ – فلسفی‌اندیشی
۲۹۶ – نام‌آوران
۲۹۷ – فقه صفا و نشاط
۲۹۸ – صد نما از سینما
۲۹۹ – روایت اقتصاد روادار
۳۰۰ – رونق فرازندگی (خاطرات زندگی)
۳۰۱ – تماشای هستی (قرآن کریم)
۳۰۲ – خط ریل غرب
۳۰۳ – کتاب طبیعت
این لیست غیر از کتابهایی است که باید آنها را پنهان بدارم. نزدیک به یکصد جلد از آثار ما تا سال ۱۳۸۶ چاپ شد. نزدیک به پنجاه جلد دیگر آن نیز از سال ۹۱ تا ۹۳ که برخی ممنوعیت‌ها برداشته شد، منتشر گردید. پنجاه جلد کتاب علمی دیگر نیز برای نشر آماده است. غیر از آن، ۱۰۰ جلد کتاب شعر نیز دارم که هفتاد جلد آن برای نشر آماده است. ۱۵۰ جلد کتاب دیگر نیز در مرحله ویراستاری و آماده‌سازی است که در مجموع به ۴۵۰ جلد کتاب می‌رسد. افزون بر این، بیش از ۶۰۰۰ ساعت نوار درسی دارم که نیازمند پیاده‌سازی، تایپ و آماده‌سازی برای نشر است و با احتساب آنها، پیش‌بینی می‌شود مجموع کتابهایی که داشته باشم، دست‌کم به ۸۰۰ جلد کتاب برسد. نخستین اثری که در مسایل علمی نگاشته‌ام، کتاب «اخباری و اصولی چه می‌گویند؟» است. این کتاب را در سن شانزده سالگی و در رد بر «اخباری‌گری» نوشته‌ام. همان روزها کسی قصد داشت این کتاب را چاپ کند، ولی چون من نزد استاد اخباری‌ام درس خوانده بودم و ایشان هنوز در قید حیات بود، به پاس حرمت ایشان، این کار را نکردم. این کتاب در سال ۸۶ چاپ شد. در این کتاب، به احترام آن استاد، نامی از ایشان نیاورده‌ام و تنها به بررسی و نقد افکار و اندیشه‌های وی و این طایفه پرداخته‌ام.
پیش‌تر گفتم که در نوجوانی در فن تجوید چیره‌دست بودم. آن زمان، کتابی در این فن نوشته بودم که بسیار قوی و کامل بود و حتی اهل علم بدان نیاز داشتند. بعدها علم تجوید را در این حدّ فن لازم نمی‌دانستم. این نوشته باقی نماند و با دسته‌ای از نوشته‌هایم به سرقت رفت و در گمانم نمی‌گنجید که در این دیار سرقت نوشته هم پیش آید!
برخی از آثارم به سرقت رفته و بعضی از آن ها را چال نموده ام. گاه شده در پیش از انقلاب و پس از آن نیز برای حفظ نوشته‌ها ناچار شده‌ام آنها را در کیسه‌های پلاستیک و پیت گذاشته و زیر خاک چال نمایم. هنوز بخشی از این نوشته‌ها دست‌نخورده باقی مانده است و کسی جز خودم از این نوشته‌های پنهان‌شده در زیر خاک یا رمزنگاری شده در هاردهای مخصوص، اطلاعی ندارد. اگر عمری باشد و صاحبان قدرت و نفوذ مانع نشوند، این طرح‌های کلان ـ که بیش از چند صد مورد است ـ ان‌شاء اللّه به اتمام برسد. با وضعیت فعلی و ایجاد مشکلات و مانع‌تراشی از این سو و آن سو که همه شاهد آن هستند و کمبود امکانات و نیروی لازم، باید آن را به «رجعت» واگذاشت. آقا امیر مومنان علیه‌السلام نیز: «فلانا بطرق السماء اعلم منّی بطرق الارض»(نهج البلاغه، ج ۲، تحقیق محمد عبده، چاپ اول، ۱۴۱۲ ه ق. قم، دارالذخائر، ص ۱۳۰) سر دادند و رفتند، اما چه مقدار از آن را نشان دادند؟! ایشان آن را در رجعت انجام می‌دهند و ما نیز ان‌شاء اللّه اگر توفیق آن را یافتیم، در رجعت می‌آییم و طرح‌های نیمه‌کارهٔ خود را هم‌چون آن حضرت به اتمام می‌رسانیم و آرای ولایی، عصمتی و شیعی در هر دانشی را ارایه خواهیم کرد. در ظلّ عنایت آقا امام زمان ـ عجل اللّه تعالی فرجه الشریف ـ و به برکت نظام اسلامی و خون شهدایی که برای سرافرازی اسلام ریخته شده، امید است شیعه در تمامی زمینه‌ها و در تمامی موقعیت‌ها و رشته‌های علمی رشد یابد و به نیرویی پیشرو تبدیل گردد و ما نیز به قدر توانی که داریم، کاری انجام دهیم.
