درس هاي حضرت آیت الله نکونام از سال ۱۳۸۰ تاكنون ضبط گرديده است. مجموع جلسات ضبط شده دروس اعم از تخصصي و عمومي به ۱۱۰۰۰ ساعت رسيده است.
دروس ضبط شده عبارت است از:
خارج فقه/ ۱۷۹۶ جلسه
درس خارج فقه حضرت استاد از سي سال پيش شروع شده است؛ اما جلسات ضبط شده آن تنها دوازده سال را در بر مي گيرد.
درس حاضر تمامی ابواب فقهی رایج از کتاب تقلید و طهارت تا حدود و دیات را به بحث گزارده است. نوآوری‌های فقهی معظم‌له هم ساختار فقه قدیم و هم بنیادهای محتوای آن را متحول ساخته و فقهی نوین مبتنی بر حقایق قرآنی و اصول ولایی مکتب تشیع پایه‌گذاری نموده که مهم‌ترین شاخصهٔ آن پیرایه‌زدایی از داده‌های فقهی و بازگردندن آن به بستر نخستینی که داشته و مصون داشتن آن از جمود و التقاط است. درس خارج فقه بعد از اتمام بازاندیشی فقه سنتی، بحث‌های روز و نوپدید را که در هیچ یک از کتاب‌های گذشتگان نیامده به بحث می‌گذارد. این درس با موضوع «اقتصاد»، در مدرسهٔ فیضیه، روزهای شنبه تا چهارشنبه، از ساعت ده تا یازده در مدرس زیر ساعت برگزار می‌شد. درس اقتصاد، اصول اقتصاد اسلامی و شاخصه‌های آن و طرح‌های اقتصادی دین اسلام را برمی‌رسيد که تازگی مباحث آن هم در موضوعی که تاکنون تحقیق در خور علمی برای آن سامان نگرفته، ویژگی آن بود اما حوادث اخير باعث تعطيلي اين درس پويا و محققانه گرديد. از ويراسته‌هاي اين درس مي توان كتاب “فقه غنا و موسيقي” در ۷ جلد و “قمار” را نام برد.
تفسیر قرآن کریم / تعداد جلسات ۸۶۵ جلسه
اين درس از سال ۱۳۸۷ در مدرسه فيضيه شروع شد. البته ۱۰۶ جلسه مربوط به تفسير سوره حمد در ايام تعطيلي مربوط به اعياد و وفيات انجام شده است. دروس تفسيري سوره حمد با عنوان “تفسير هدي” در چهار جلد براي چاپ آماده است.
درس تفسیر دارای روش تفسیری منحصر است که از آن به «انس با آیات قرآن کریم» تعبیر می‌شود. روش انس با قرآن کریم طریق ورود به ساحت قدسی کتاب خداوند و رمزگشایی از معارف آن است که ویژهٔ راه‌یافتگان ولایی و مقربان محبوب است. آنان با انس به قرآن کریم و حضور در محضرش که جز با صفای باطن و طول مدت به دست نمی‌آید، از مواهب این کتاب آسمانی بهره می‌برند. این روش تنها رابطه‌ای معنوی میان قرآن کریم و اولیای الهی و راه‌یافتگان حقیقی است. قرب به حضرات آیات الهی و ورود عینی به حضور حقایق قرآنی و انس با باطن نزولات ربانی و راه‌یابی به غیب هویات ربوبی در خور صافیان صفا و راه‌یاب وفا می‌باشد و افزون بر تحصیل مبادی و وجود شرایط و حال و هوای خود را لازم دارد. این روش تنها با تحصیل مبادی علمی محقق نمی‌شود و حضور علم اصطلاحی به تنهایی برای آن کارآمد نیست، بلکه افزون بر آن، این عنایت الهی و قرب ربوبی و حضور دایم و انس کامل با آموزه‌های وحی است که می‌تواند راه‌گشای آن باشد.
برای یافت این روش باید دست در دست استاد کارآزموده و راه‌آشنا گذاشت که از او به عنوان «محبوب» یاد می‌شود. برای درک کتاب آسمانی قرآن کریم باید از اولیای محبوبی مدد جست که آنان آیهٔ مربوط به هر کسی را که رزق و غذای اوست و نیز راه انس با آن را نشان می‌دهند.
رفع محجوریت از قرآن کریم با یافتن عالم ربانی است که به صورت محبوبی به داده‌های قرآن کریم راه یافته است و چنین افرادی نیز در هر قرنی یکی یافت می‌شود که بزرگی قرآن کریم را از نزدیک درک کرده و در تمامی علوم به صورت موهوبی صاحب نظر می‌باشند.
درس تفسیر قرآن کریم هر روز از شنبه تا چهارشنبه در مدرس آقاي خمینی مدرسه فیضیه از ساعت ۹ تا ۱۰ صبح برگزار می‌گرديد و طلاب عزیز و دیگر علاقمندان در آن شرکت می‌کردند اما در ۱۱ دي ماه ۱۳۹۳ با اقدامات و فشارهای ظاهرگرایان تعطيل گرديد.
اسماء الحسنی / ۷۴۳ جلسه
«اسماء الحسنی» از دانش‌های موهوبی و عنایی خداوند به اولیای خود است که می‌شود آن را دانشی و آموزشی ساخت. این درس از اسمای کمالی، جمالی و جلالی حق تعالی بحث می‌کند و معناشناسی، احکام، آثار و خصوصیات هر یک از اسما را بیان می‌دارد. این درس در روزهای پنج شنبه و جمعه از ساعت ۹ تا ۱۰ در مدرس حضرت معصومه واقع در مدرسهٔ فیضیه برقرار می‌گرديد و موضوع آن بحث از اسمای بسیط حق تعالی بود. اسمای بسیط و ترکیبی جمع‌آوری شده برای بحث در این درس به ده‌هزار اسم می‌رسد. این درس تاکنون بيست و يك سال بود که به صورت مرتب برگزار مي‌گرديد. مجموع جلسات ضبط شده اين درس‌گفتار به ۷۴۳ جلسه رسيده است.
شرح منازل السائرین / ۶۷۴ جلسه
متن این درس کتاب شریف «منازل السائرین» است که یک صد منزل از منازل معنوی سالکان را آموزش می‌دهد. این درس افزون بر آموزش منازل سلوک شیعی به روش این کتاب که همان سلوک محبی است روش قرب محبوبی را نیز خاطرنشان می‌شود و فضای معنوی و مقامات روحانی، بلکه فراتر از منزل و مقام، از قرب و فنای محبوبان می‌گوید.
این درس در روزهای پنج‌شنبه و جمعه در مدرسهٔ فیضیه، مدرس حضرت معصومه، از ساعت ۱۱ تا ۱۲ برگزار می‌گرديد. خوشبختانه متن اين كتاب ، پيش از ممانعت دادگاه ويژه به پايان رسيده است. مجموع جلسات اين كتاب ۶۷۴ جلسه رسيده است.
شرح مصباح الانس / ۶۷۸ جلسه
مصباح الانس عالی‌ترین کتاب در عرفان است. متن اصلی مصباح الانس از آن قونوی است که در نگارش متن‌های عرفانی از استاد خود ابن‌عربی قوی‌تر و بهتر عمل کرده است. در این درس عالی‌ترین آموزه‌های عرفانی تدریس می‌شود و عرفان خواص در آن طرح می‌گردد و ناگفته‌های عرفان محبوبی در آن بیش‌تر گفته می‌شود. خوشبختانه تدريس تمامي متن اين كتاب نيز بيش از ممانعت دادگاه ويژخ به پايان رسيده است.
شرح فصوص الحکم / ۱۱۵۱ ساعت
این درس تمامی متن فصوص الحکم و شرح آن را به مدت یک‌هزار و یکصد و پنجاه و يك ساعت مورد بحث قرار داده که خوشبختانه در سال ۱۳۸۷ پیش به پایان رسیده است و دست مانع‌تراشي‌ها از دامان آن كوتاه گرديده است . حاصل این درس دانشنامه‌ای جامع در عرفان اسلامی است که پیش‌بینی می‌شود به بیش از بیست جلد برسد.
تمهید القواعد / ۲۳۹ جلسه
این درس تمامی متن کتاب تمهید القواعد را آموزش داده و سيزده سال پیش به پایان رسیده است. در این درس نقدهای پایانی کتاب تحریر التمهید بر اثبات وحدت شخصی وجود مورد بررسی و نقد دقیق قرار گرفته است.
خارج فلسفه / ۱۷۴۲ جلسه
این درس همان‌طور که از عنوان آن پیداست متن خاصی را در بیان بحث‌های فلسفی منظور نمی‌دارد و فراتر از شرح اشارات، حکمة‌الاشراق و الاسفار الاربعه، از فلسفه با محتوایی تمام عقلی و بدون غفلت از بعدی از ابعاد آن نظریه‌پردازی دارد و در این زمینه، پس از مکتب ملاصدرا و نوصدارییان، مکتبی نوظهور را پدید آورده است.
این درس از روزهای شنبه تا چهارشنبه در مدرس ساحلی مدرسهٔ فیضیه از ساعت ۱۱ تا ۱۲ صبح برگزار می گرديد و دادگاه ويژه روحانيت با پيشامد حوادث اخير، از ادامه آن مانع گرديد. اگر اين درس‌گفتارهاي انتقادي پياده‌سازي و ويرايش شود تحولي عظيم را در حوزه انديشه‌هاي عقل‌ورزانه به وجود مي‌آورد و مي‌تواند بهترين جايگزين براي فلسفه‌هاي موجود به ويژه فلسفه غرب و نيز نظام‌هاي كلامي جديد باشد.
الاسفار الاربعه / ۲۷۹ جلسه
این درس که سال‌ها پیش به پایان رسیده است، تمامی متن کتاب اسفار، حتی باب‌هایی که در حوزه علمیه خوانده نمی‌شود، تبیین و مورد بازاندیشی قرار داده است اما از آن همه، تنها ۵۵ جلسه از جلد هشتم و ۲۲۴ جلسه از جلد نهم آن ضبط گرديده و حفظ شده است.
فلسفهٔ اخلاق / ۶۵ جلسه
درس فلسفهٔ اخلاق به درخواست جمعی از طلاب نوگرا و در شصت و پنج جلسه برگزار شده است و اندیشه‌های موجود در باب این دانش را تطبیق، بررسی و نقد کرده است.
دانش استخاره با قرآن کریم / ۳۲۰ جلسه
استخاره با قرآن کریم از علوم موهوبی به اولیای خاص خود است. این علم تاکنون مورد شناسایی و تدوین درست قرار نگرفته و درس حاضر برای نخستین بار، اصول، قواعد، اصطلاحات و رموز آن را آموزش داده و منطق فهم استخاره را تدوین کرده است. این دروس در کتابی پنج جلدی با عنوان «دانش استخاره» براي چاپ آماده شده است.
دانش ذکر / ۵۹ جلسه
اين درس براي افراد خاص تدريس شده است. مجموع نوارهاي آن در دو جلد كتاب به نام دانش ذكر براي چاپ آماده شده است.
عرفان عملي / ۴۹ جلسه
اين درس براي افراد خاص تدريس شده است. ويراسته اين درس با عنوان دانش سلوك معنوي منتشر شده است.
شناخت جن، فرشته و پدیده‌های عوالم غیبی / ۶۵ جلسه
اين درس، در مدرسه فيضيه برگزار مي‌گرديد كه براي پيشگيري از برخورد و ممانعت‌هاي شناخته‌شده تعطيل گرديد.
دانش اشتقاق / ۵۸ جلسه
اين درس ادبيات عرب و به طور خاص علم اشتقاق را مورد بحث و بررسي قرار داده است.
علم حقوق
اين درس براي برخي از دانش‌آموخته هاي كارشناسي ارشد رشته حقوق و دانشجوي رشته دكترا برگزار شده است. كتاب حاصل از اين درس با عنوان “حقوق نوبنياد” در دو جلد منتشر شده است.
علم زندگی
زیبایی‌شناسی و هنر
انسان‌شناسی
معرفت‌شناسی
شرح منظومه
نقد کتاب‌های سه گانهٔ شهید مطهری دربارهٔ زن
نقد کتاب: «زن در آینهٔ جمال و جلال» نوشته آيت الله عبدالله جوادي آملي
عرفان محبوبي
بهداشت روان و سلامت نفس
و… .
ما بعضي از دروس خاص را نام نبرديم. دروسي كه ضبط نگرديده بسيار فراوان است و تمامي كتابهاي حوزوي غير از آنچه نام برده شد را در بر مي‌گيرد. نمونه‌اي از اين دروس عبارت است از:
خارج اصول
درس خارج اصول در دورهٔ شش ساله انجام شده و به پايان رسيده است که حاصل آن شرح کتاب «کفایة الاصول» و بازنگاری محتوایی آن است. این درس به‌ویژه در زمینه‌های اصول عقلی، دارای نوآوری‌های فراوانی است که برخی از اصول و قواعد استنابط را تحت تأثیر قرار داده و مسیر تازه‌ای برای آن گشوده است. متاسفانه اين درس ضبط نگرديده اما يادداشت‌هاي حضرت استاد در اين باب موجود است.
فقه قرآن کریم
مقامات حریری
معلقات سبعه
مقامات موسیقی ایرانی
تعبیر خواب
علم فراست و زبان بدن
