آیت الله پسندیده در خاطرات خود در مورد برادر خود آقاي خمینی تقریبا دارای یک خط فکری مشترک بوده اند. در بعضی از مسایل با ایشان مشورت می کرده اند و تابع نظر ایشان بودند، در بعضی از امور و تصمیمات مبارزاتی و سیاسی از ایشان دستور می گرفتند. آیت الله پسندیده در خاطرات خود، اظهار نظری در مورد آیت الله خامنه ای و رهبری ایشان نکرده است، وی در سال ۱۳۷۵ درگذشته است.
قَالُواْ إِنَّمَا نَحْنُ مُصْلِحُونَ
آیت الله محمد رضا نکونام: وقتی تفسیر این آیه شریفه را در مدرسه فیضیه می گفتم به یاد مرحوم آقای پسندیده اخوی آقاي خميني افتادم. ایشان در همان زمان ستمشاهی می گفت: سابقها سیاستمدارها زحمت می کشیدند که کسی نتواند دروغی از آنها کشف کند، اما سیاستمداران امروز می گویند مهم این است که بتوانید دروغ بگویید و هر چیزی را چنان عکس جلوه دهید و چنان بزرگ، دروغ بگویید که همه باورشان شود و کسی هم نتواند مچ ات را بگیرد. آنان این را سیاست می دانند. در نظر آنان، کسی سیاست دارد که بتواند خوب و بزرگ دروغ گوید و همه را نسبت به آن دروغ، به باور برساند. ما نیز گفته ایم سیاستمداران دنیاگرا و منافق می توانند با هر فکری کنار آیند و در صورت لزوم با هر کس توافق داشته باشند و در عین حال، خود را با هر کس و یا هر عقیده و فکری _ حتی عقیده خود _ مخالف جلوه دهند و به روی خود سیلی زنند تا جهت و عقیده ای را هم گون و هم رنگ خود سازند. یک روز دروغ می گویند و روز دیگر دشنام. روزی آتشی به پا می کنند و روزی دیگر از صلح دم می زنند. روزی گریه سر می دهند و روزی به گریه خود می خندند، یک روز خود را مظلوم نشان می دهند و روزی مظهر اقتدار می گردند، روزی به حمایت از دینی بر می خیزند و روزی درصدد تخریب دین و مسلک خود بر می آیند. اینان جنایت کاران مصلحت گرایی هستند که سیاست آنان ریشه در خودخواهی و بی اعتقادی آنها دارد. آنان هیچ گونه ارزش ثابتی در عقیده ندارند و تنها درصدد جلب آرا و اعتماد مردم و بقای خود هستند.